Después de la guerra Barbie trabajó para los servicios de inteligencia norteamericanos antes de escapar a América del Sur, en Bolivia, donde fue capturado y extraditado a Francia para enfrentar un juicio por delitos de "Lesa Humanidad". Conocido por su despiadada crueldad, Barbie interrogaba y torturaba personalmente a sus víctimas en su cuartel general, el famoso Hotel Terminus.
Su víctima más famosa fue el héroe de la resistencia francesa Jean Moulin, a quien Barbie interrogó personalmente todos los días durante tres semanas. Moulin se rehusó a divulgarle información, y murió a causa de las torturas recibidas cerca de Metz el 8 de julio de 1943, cuando iba en camino a su cautiverio en Alemania. Con el nombre de Klaus Altmann, Barbie se había instalado junto con su familia en La Paz, Bolivia.
Mientras el gobierno francés lo juzgaba en ausencia y lo sentenciaba a muerte, Barbie se estableció como una prominente figura empresarial en La Paz. Tenía sólidas conexiones con el partido regente de Bolivia y participó, no solo en comercio marítimo, sino también en la compraventa de armas. Durante los siguientes 20 años, Barbie/Altmann recibió la ciudadanía boliviana y un pasaporte diplomático que le permitió viajar a Europa y a los Estados Unidos sin impedimentos.
El juicio terminó en 1987. Barbie fue declarado culpable y recibió una sentencia de cadena perpetua en prisión. A pesar de esta condena, siguió siendo un nazi devoto y nunca se arrepintió de nada, e incluso llegó a declarar que se sentía orgulloso de haber sido comandante del mejor equipo militar del Tercer Reich. "Si tuviera que nacer mil veces de nuevo, mil veces volvería a ser lo que he sido”, dijo este asesino que la justicia le permitió morir de cáncer bajo la custodia francesa en 1991.
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